长方案的优点在于能够有效遏制内源性LH峰，避免卵泡过早成熟，伴随地促进多个卵泡同步发育，提高优质胚胎的获得率。反之，长方案的治疗周期较长，药物使用量较大，成本相对较高，且对部分患者可能会增加卵巢过度刺激的风险。拮抗剂方案则是在促排卵过程中，当主导卵泡达到一定大小时，开始使用GnRH拮抗剂，以防止LH峰的出现。该方案通常从月经周期的第23天开始使用促性腺激素，直至卵泡发育至合适大小，再加入GnRH拮抗剂。
拮抗剂方案的特点是治疗周期短，药物使用量少，减少了卵巢过度刺激的风险，适合卵巢反应差、年龄较大的女性。再者，对于有多囊卵巢综合征等疾病的患者，拮抗剂方案也能更好地控制卵泡的生长，减少并发症的发生。选择合适的促排卵方案，应由专业的生殖医学专家根据患者的个体情况进行评估。一般而言：
年龄因素：年轻女性，卵巢功能较好，可优先考虑长方案；年龄较大或卵巢功能减退的女性，则更适合采用拮抗剂方案。卵巢储备功能：卵巢储备功能良好的女性，长方案有助于获得更多高质量的卵子；而卵巢储备功能较差的女性，拮抗剂方案可能更为适宜。
既往治疗经历：如果之前尝试过长方案但效果不佳，可以考虑转换为拮抗剂方案；反之亦然。