胚胎在早期发育阶段会经历快速的细胞分裂。在这个过程中，如果染色体分配不均或发生错误，可能会引发某些细胞携带不同的染色体数目或结构。这种现象称为非整倍体或部分非整倍体。当这些异常细胞与正常细胞共同存在于同一个胚胎中时，就形成了嵌合体。
例如，在受精后的第一次或第二次卵裂过程中，如果发生了染色体不分离，那么一部分细胞可能继承了额外的染色体，而另一部分则可能是正常的。这种情况下，即便后续的细胞分裂恢复正常，已经形成的异常细胞仍会继续增殖，通过这么多的数据说明性阶段形成嵌合体。尽管PGD和PGS技术可以检测胚胎的染色体异常，但它们并非完好无缺。这些技术通常通过取样少数几个细胞进行分析，而这些样本并不能完全代表整个胚胎的状态。有鉴于此，如果取样的细胞正好来自某一特定类型的细胞系，那么检测结果可能无法准确反映胚胎的整体情况。
更甚者，PGD/PGS的操作本身也可能引入一定的误差。例如，在活检过程中，可能会损伤胚胎，影响其后续发育；或者在实验室条件下，某些操作可能触发细胞分裂异常，进而增加嵌合体的发生率。胚胎在体外培养过程中所处的环境对其发育有着至关重要的影响。体外培养条件与体内自然环境存在差异，这些差异可能会影响胚胎的正常发育过程。例如，某些培养基中的成分或浓度不当，可能会衍生出细胞分裂速度加快或减慢，由此推进增加染色体分配错误的概率。